Tại SEA Games 17, đội tuyển Việt Nam đã đánh bại Indonesia 1-0 ở vòng bảng và lọt vào tới trận chung kết. Đáng tiếc thầy trò K.H Weigang không thể vượt qua chủ nhà Thái Lan.
Đến SEA Games 19, đội tuyển Việt Nam lại tái ngộ chủ nhà Indonesia ở vòng bảng và thầy trò huấn luyện viên Colin Murphy bất phân thắng bại với chủ nhà sau trận hòa 2-2 tại sân Senayan.
Hai năm sau, tại SEA Games 20, Việt Nam gặp Indonesia ở bán kết và bàn thắng duy nhất của Hồng Sơn đã giúp đội tuyển vào chung kết.
SEA Games 21, lần đầu tiên đội tuyển U23 góp mặt, để thua Indonesia 0-1 và bị loại ngay từ vòng bảng khiến huấn luyện viên Dido phải ra đi.
SEA Games 22 năm 2003 với tư cách chủ nhà, U23 Việt Nam thắng Indonesia 1-0 tại Mỹ Đình và lọt vào tới trận chung kết. Tuy nhiên, trận thua 1-2 trước Thái Lan khiến thầy trò Riedl phải nhận tấm huy chương bạc.
Tiếp đến SEA Games 2005 tại Manila, U23 Việt Nam thua Indonesia 0-1 trong trận đấu chỉ mang tính thủ tục. U23 Việt Nam lọt vào chung kết và thua bạc nhược 0-3 trước Thái Lan.
6 năm sau, U23 Việt Nam mới gặp lại Indonesia ở bán kết SEA Games 26 năm 2011. Tuy nhiên, thầy trò huấn luyện viên Falko Goetz đã để thua 0-2 đầy thất vọng.
Trận thắng đậm nhất của đội tuyển U23 Việt Nam dưới thời huấn luyện viên Miura khi đè bẹp Indonesia 5-0 ở trận tranh huy chương đồng SEA Games 2015.
Tại SEA Games 30, U22 Việt Nam dưới sự dẫn dắt của huấn luyện viên Park Hang-seo đã đánh bại U22 Indonesia 2-1 tại vòng bảng và giành thắng lợi thuyết phục 3-0 trong trận chung kết.
