Tham dự Vòng loại nữ Đông Nam Á tại Việt Nam có 5 đội bóng gồm: U16 Thái Lan, U16 Singapore, U16 Malaysia, U16 Indonesia và U16 Việt Nam (chủ nhà).

Theo Điều lệ, các đội thi đấu vòng tròn 1 lượt để xác định kết quả chung cuộc qua đó trao 2 vé dự Vòng chung kết giải U16 châu Á 2025.
Sau khi để thua U16 Indonesia trong trận đấu mở màn, các cô gái U16 Việt Nam tiếp tục để thua U16 Thái Lan, thua U16 Malaysia và thua U16 Singapore do vậy đứng cuối bảng sau thi đấu. Với kết quả này, đội tuyển U16 Việt Nam đã bỏ lỡ cơ hội giành suất chính thức dự Vòng chung kết giải U16 châu Á 2025.
Vô địch vòng loại khu vực Đông Nam Á là đội U16 Indonesia và họ đã giành suất dự Vòng chung kết giải U16 châu Á 2025. Hạng nhì là đội tuyển U16 Singapore và hạng Ba là đội U16 Malaysia. Trước đó, đội U16 Malaysia đã giành suất dự Vòng chung kết giải U16 châu Á 2025 nên khu vực Đông Nam Á sẽ có 2 đội nữ tham gia Vòng chung kết U16 châu Á 2025.
Trong khi đó, Vòng loại khu vực Đông Nam Á nội dung của nam sẽ diễn ra tại Philippines từ ngày 23 đến 30/5. Tham dự giải có 6 đội bóng gồm U16 Philippines (chủ nhà), U16 Việt Nam, U16 Thái Lan, U16 Singapore, U16 Malaysia, U16 Indonesia. Nội dung nam có 2 suất trao cho đội xuất sắc nhất từ Vòng loại này để giành vé dự giải Bóng rổ U16 châu Á 2025.