Ở trận tiếp đón Villarreal trên sân nhà rạng sáng 13/4, Bayern Munich chuyển sang sơ đồ giàu sức tấn công 3-2-4-1 với Lewandowski đá tiền đạo cắm. Hỗ trợ cho chân sút người Ba Lan là Leroy Sane, Thomas Muller, Musiala và Kingsley Coman.
Bên kia chiến tuyến, người hùng ở trận lượt đi Arnaut Danjuma bất ngờ vắng mặt, nhường chỗ cho Groeneveld đá cặp với Gerard Morena trên hàng công. Với ý định đánh phủ đầu Villarreal, Bayern Munich dồn lên tấn công mạnh mẽ sau tiếng còi khai cuộc.
Tuy nhiên, lối chơi phòng ngự chặt chẽ của đội khách khiến các chân sút Bayern Munich gặp nhiều khó khăn. Mỗi khi các tiền đạo của đội chủ nhà có cơ hội, thủ môn Rulli lại xuất sắc cứu thua cho đại diện La Liga.
Thậm chí trong những phút cuối hiệp 1, Villarreal có những tình huống phản công nguy hiểm tiếc rằng lần lượt Groeneveld và Moreno không tận dụng thành công cơ hội của mình.
Sau giờ nghỉ, các học trò của Julian Nagelsmann tăng tốc, gây ra sức ép lớn khủng khiếp về phía khung thành đội khách. Phút 49, Rulli phản xạ xuất sắc cứu một bàn thua trông thấy cho Tàu ngầm vàng sau pha đá phạt của Leroy Sane.
Ngay sau đó, Leroy Sane có pha đi bóng ở bên cánh phải trước khi nhả ngược cho Upamecano dứt điểm thuận lợi nhưng bóng vọt xà ngang rất đáng tiếc. Sau hàng loạt cơ hội ngon ăn bị bỏ lỡ, Bayern Munich có được bàn thắng vươn lên dẫn trước 1-0 ở phút 52 khi Muller chọc khe cho Lewandowski, tiền đạo người Ba Lan dứt điểm tinh tế hạ gục Rulli.
Hưng phấn sau khi có bàn thắng mở tỷ số, Bayern Munich chơi thanh thoát hơn. Đội chủ nhà đã tạo ra nhiều cơ hội nhưng lần lượt Muller, Sane và Coman đều bỏ lỡ.
Phung phí những cơ hội tạo ra, Bayern Munich phải trả giá đắt ở phút 88 khi Moreno có đường kiến tạo để Samuel Chukwueze băng lên dứt điểm tung lưới thủ môn Neuer, gỡ hòa 1-1 cho Villarreal.
Trong ít phút còn lại, Bayern Munich bất lực trong việc tìm kiếm bàn thắng thứ 2 và đành chấp nhận dừng cuộc chơi ở tứ kết Champions League. Sau hai lượt trận, Tàu ngầm vàng giành chiến thắng chung cuộc 2-1 và đoạt tấm vé đi tiếp.
Với chiến thắng này, huấn luyện viên Unai Emery đã chứng minh Villarreal không phải là hiện tượng ở Champions League năm nay khi họ lần lượt vượt qua 2 "gã khổng lồ" Juventus và Bayern Munich để góp mặt ở vòng bán kết. Với lối chơi phòng ngự, phản công kỷ luật và sắc sảo, Villarreal đã tạo nên cơn địa chấn ở Allianz Arena. Rất ít người nghĩ rằng đội bóng của Unai Emery lại có thể chơi lì lợm và khó chịu đến vậy.
