Pele đã kết hôn chính thức 3 lần, giữa rất nhiều mối tình lớn nhỏ khác nhau mà ông từng nếm trải. Trong bộ phim tài liệu Netflix về cuộc đời của mình, huyền thoại người Brazil thậm chí còn tiết lộ, có thời điểm ông không biết mình có bao nhiêu con trong đời sống tình cảm phong phú của mình. Tháng 2/1966, Pele kết hôn với người vợ đầu tiên là Rosemeri dos Reis Cholbi. Cặp đôi có với nhau 3 người con - Kelly, Edinho và Jennifer. Trong số này, Edinho được nhắc tới nhiều nhất. Edinho từng chơi bóng đến năm 1999 thì chuyển sang làm huấn luyện viên. Tuy nhiên, sự nghiệp bóng đá của Edinho chưa kịp có điểm sáng thì ông dính phải bê bối rửa tiền và buôn ma tuý vào năm 2005. Edinho bị kết án 33 năm tù vào năm 2014 nhưng nhờ kháng cáo, bản án giảm còn 12 năm 10 tháng. Đến tháng 9/2019, Edinho được thi hành án tại gia.
Sau khi chia tay với Rosemeri, “cỗ máy ghi bàn” một thời đã có thời gian qua lại với người quản gia Anizia Machado, dẫn đến sự ra đời của cô con gái Sandra Machado. Pele luôn phủ nhận mối tình với Anizia Machado cũng như cô con gái ngoài giá thú. Nhiều năm sau đó, Sandra đã khởi kiện để yêu cầu ông bố nổi tiếng phải thừa nhận mình. Đây là một scandal ồn ào trong cuộc đời "Vua bóng đá". Pele đã từ chối cung cấp mẫu DNA suốt 5 năm. Mãi tới năm 1993, ông đổi ý và kết quả xét nghiệm cho thấy ông và Sandra có quan hệ cha con. 3 năm sau, huyền thoại người Brazil nhận Sandra (lúc này đã 32 tuổi) làm con. Năm 1998, Sandra viết sách kể về nỗ lực chứng minh Pele là bố đẻ, chia sẻ lại chuyện tình của bố mẹ. Cuốn sách có tên: "Người con gái mà ông Vua không muốn". Cô qua đời ở tuổi 42 vì ung thư vú. Pele không dự đám tang của con, chỉ gửi vòng hoa viếng.
Pele còn có một cô con gái, Flavia Kurtz, với nhà báo Lenita Kurtz.
Năm 1994, Pele kết hôn với nhà tâm lý học và ca sĩ phúc âm, Assaria Lemos Seixas, người vợ thứ hai của ông. Tình yêu này mang lại cho ông một cặp song sinh- Joshua và Celeste.
Như vậy, tổng cộng Pele có 7 người con.
Năm 2016, Pele kết hôn lần thứ 3 với Marcia Cibele Aoki. Cặp đôi không có con chung, song Pele nói rằng, ông cảm thấy rất hạnh phúc với cuộc hôn nhân cuối cùng này. Pele hơn Aoki 25 tuổi, cả 2 có sở thích chung là khiêu vũ. "Cả hai chúng tôi đều thích nhảy và chúng tôi thường cùng nhau khiêu vũ trong phòng khách” - Pele từng tâm sự về người vợ thứ ba - “Tôi hoàn toàn mãn nguyện với người phụ nữ này. Mối tình đầu của tôi là một cô gái Nhật và mối tình cuối cũng như vậy".
