Các đội giành vé vào Vòng chung kết năm nay gồm: Hà Nội và Thể Công Viettel (bảng A), PVF và Sông Lam Nghệ An (bảng B), SHB Đà Nẵng và Hoàng Anh Gia Lai I (bảng C), Đồng Tháp và TP.HCM (bảng D), Tây Ninh và Đắk Lắk (bảng E). Ngoài ra, 2 suất dành cho đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất thuộc về PVF CAND và câu lạc bộ TP.HCM.

Đáng chú ý, chủ nhà TP.HCM có lợi thế lớn khi có tới hai đại diện góp mặt ở vòng chung kết và được thi đấu trên sân nhà, mở ra hy vọng đạt thành tích cao tại giải đấu năm nay. Về phía Hoàng Anh Gia Lai, dù tham dự vòng loại với hai đội hình nhưng chỉ có Hoàng Anh Gia Lai I vượt qua vòng bảng, trong khi Hoàng Anh Gia Lai II dừng bước khi chỉ xếp thứ tư tại bảng E với 4 điểm.
Đội bóng để lại ấn tượng mạnh nhất tại vòng loại là Đồng Tháp, khi toàn thắng cả 4 trận tại bảng D để giành ngôi đầu tuyệt đối.
Lễ bốc thăm và phân lịch thi đấu Vòng chung kết U21 quốc gia dự kiến sẽ diễn ra lúc 10 giờ ngày 16/7 tại trụ sở Liên đoàn Bóng đá Việt Nam. Vòng chung kết năm nay sẽ diễn ra từ ngày 19 đến 31/7 trên 3 sân là Bà Rịa, Long Tâm và Tân Hưng. 12 đội bóng sẽ được chia thành 3 bảng, tranh tài sôi nổi để tìm ra tân vương mới của bóng đá trẻ Việt Nam mùa giải 2025.