Vòng loại của giải đấu diễn ra từ ngày 2 đến 22/6 và được chia thành 3 khu vực
45 đội bóng góp mặt tại giải Bóng đá U13 toàn quốc Yamaha Cup 2025
Sáng 7/5, tại Hà Nội, báo Thiếu niên Tiền phong và Nhi đồng phối hợp cùng Liên đoàn Bóng đá Việt Nam tổ chức Họp báo công bố giải Bóng đá U13 toàn quốc Yamaha Cup 2025.