Vòng loại giải Bóng đá Thanh Niên Sinh viên Việt Nam lần II năm 2024 tranh Cúp Thaco có sự góp mặt của 64 đội, chia thành 6 bảng đấu ở 6 khu vực trên toàn quốc gồm: Hà Nội, Duyên hải miền Trung, Nam Trung Bộ và Tây Nguyên, Đông Nam Bộ, Tây Nam Bộ, TP.HCM. Giải đấu có số lượng đội tham dự lớn chưa từng có và nhiều hơn 22 đội đăng ký tham dự so với mùa trước, sẽ có tối đa 90 trận đấu tại Vòng loại.
Theo nguyên tắc bốc thăm, các đội từng lọt vào Vòng chung kết mùa giải 2023 được ưu tiên chọn làm hạt giống ở các nhóm và các đội cùng ngành sẽ không nằm chung nhóm. Vòng loại sẽ tiến hành thi đấu để chọn ra 11 đội bóng xuất sắc nhất cùng đội chủ nhà Đại học Tôn Đức Thắng (TP.HCM) tranh tài ở Vòng chung kết từ ngày 16 đến 31/3/2024. Vòng chung kết sẽ thi đấu tổng cộng 25 trận.
Giải đấu năm nay có sự thay đổi rõ rệt về chất lượng khi các đội đăng ký thi đấu được đăng ký tối đa 7 quan chức (chức danh trưởng đoàn, huấn luyện viên trưởng, trợ lý huấn luyện viên, cán bộ chuyên môn, cán bộ truyền thông, bác sĩ, săn sóc viên). Trong đó, 3 chức danh mà bắt buộc mỗi đội phải có là trưởng đoàn, huấn luyện viên trưởng và bác sĩ hoặc săn sóc viên. Đây là những yêu cầu tiệm cận với tiêu chuẩn của Liên đoàn Bóng đá châu Á (AFC) dành cho các câu lạc bộ hay đội tuyển quốc gia ở sân chơi quốc tế.
Ở khu vực phía Bắc là bảng A gồm 9 đội. Thời gian thi đấu từ ngày 26/2 đến 5/3/2024 tại sân trường Đại học Thủy Lợi (Hà Nội). Khu vực Đà Nẵng và Thừa Thiên Huế là bảng B với 8 đội tham dự diễn ra từ ngày 28/2 đến 6/3/2024 tại Huế. Bảng C là khu vực Nam Trung Bộ và Tây Nguyên, có 6 đội tham dự, diễn ra từ ngày 1 đến 7/3/2024 tại sân trường Đại học Nha Trang (Khánh Hòa).
Bảng D khu vực Đông Nam Bộ có 6 đội tham dự, diễn ra từ ngày 12 đến 18/1/2024 tại Bà Rịa - Vũng Tàu. Bảng E khu vực TP.HCM là bàng có nhiều đội tham dự nhất với 29 đội, Vòng loại diễn ra từ ngày 6 đến ngày 21/1/2024 tại sân trường Đại học Tôn Đức Thắng. Bảng F là khu vực Tây Nam Bộ, có 6 đội tham dự, Vòng loại diễn ra từ ngày 3 đến 9/3/2024 tại sân vận động Cần Thơ.
Tổng số tiền thưởng cho giải đấu năm nay lên đến 700 triệu đồng, trong đó, đội vô địch nhận 300 triệu đồng, đội á quân nhận 150 triệu đồng và đội hạng ba được 70 triệu đồng. Bên cạnh đó, cũng sẽ có giải phong cách với số tiền thưởng 40 triệu đồng. Về giải thưởng cá nhân, Vua phá lưới Vòng chung kết nhận 10 triệu đồng, Cầu thủ xuất sắc nhất Vòng chung kết nhận 15 triệu, Thủ môn xuất sắc nhận 10 triệu đồng. Còn Cầu thủ xuất sắc nhất mỗi trận sẽ có mức thưởng tương ứng 1 triệu/trận (vòng bảng và tứ kết), 2 triệu (bán kết), 3 triệu (chung kết).
