Hồi cuối năm 2015, Công Phượng từng sang Nhật Bản khoác áo câu lạc bộ Mito Hollyhock với bản hợp đồng cho mượn khi vừa bước qua tuổi 21, sự nghiệp tưởng như rộng mở, nhưng sau mùa giải chỉ ngồi dự bị đã quay trở về thi đấu cho Hoàng Anh Gia Lai ở V.League 2017. Hai năm sau, đội bóng phố Núi tiếp tục mở đường cho tiền đạo người Nghệ An xuất ngoại, sang Hàn Quốc cũng dưới dạng cho mượn, nhưng chỉ gắn bó với câu lạc bộ Incheon Untied được vài tháng lại quyết định chuyển hướng sang Bỉ, đầu quân cho câu lạc bộ Sint-Truiden.
Tuy có cơ hội ra sân nhiều hơn, nhưng nhận thấy khó cạnh tranh vị trí với các cầu thủ châu Âu ở câu lạc bộ nên giữa mùa bóng 2020, Công Phượng đã trở về V.League sau khi được câu lạc bộ Thành phố Hồ Chí Minh “giải cứu” bằng cách mua lại hợp đồng. Tuy gặp nhiều trắc trở, nhưng mong muốn được ra nước ngoài thi đấu, phát triển sự nghiệp vẫn luôn thôi thúc và tới đầu mùa giải 2023, sau khi kết hôn, Công Phượng đã quyết định sang Nhật Bản đầu quân cho câu lạc bộ Yokohama.
Trong suốt hơn 1 năm ở Nhật Bản, Công Phượng rất hiếm hoi được Yokohama gọi tên kể cả khi đội bóng rớt hạng, phải xuống thi đấu ở J.League 2 sau mùa giải 2023-2024. Không có cơ hội ra sân thi đấu trong màu áo câu lạc bộ nên dù được huấn luyện viên Troussier sang tận nơi gặp gỡ, nhưng sau đó Công Phượng cũng mất suất ở đội tuyển. Gần đây nhất, huấn luyện viên Kim Sang-sik cũng cử trợ lý sang Nhật Bản tìm hiểu tình hình Công Phượng, nhưng trong đợt hội quân dịp FIFA Days tháng 9, tiền đạo đang thi đấu cho Yokohama tiếp tục lỗi hẹn.
Quyết định quay trở về thi đấu trong nước để cứu vãn sự nghiệp đã được Công Phượng lựa chọn, dù ở thời điểm này có phần hơi muộn khi V.League 2024-2025 đã khởi tranh và hầu hết các câu lạc bộ đã chốt xong danh sách đăng ký cầu thủ. Nhiều khả năng, Công Phượng sẽ phải chấp nhận xuống chơi ở giải hạng Nhất với điểm đến tiềm năng chính là đội bóng đang nổi đình đám trên thị trường chuyển nhượng - Trẻ thành phố Hồ Chí Minh - vốn đang là địa chỉ quy tụ nhiều cầu thủ tên tuổi từng thi đấu ở V.League.
Hoàng Anh Gia Lai cũng có thể là bến đỗ an toàn khi bầu Đức luôn mở rộng cửa cho những cầu thủ trưởng thành từ câu lạc bộ quay trở về. Cùng với Tuấn Anh, Văn Toàn, Xuân Trường… Công Phượng từng được coi là biểu tượng thành công của đội bóng phố Núi, tuy chặng cuối của sự nghiệp có vẻ không xuôi chèo mát mái nhưng vẫn được nhiều người mến mộ. Quay trở về cũng có thể là sự lựa chọn đúng đắn ở thời điểm hiện tại khi Công Phượng sắp sửa bước qua tuổi 30.
