Do câu lạc bộ PVF-CAND được đặc cách lên thi đấu ở V.League 2025-2026 thay cho Quảng Nam, nên đội Trẻ PVF-CAND từ hạng Nhì cũng được đẩy lên thi đấu ở Giải hạng Nhất Quốc gia 2025-2026. Tuy nhiên, số lượng các đội hạng Nhất xác nhận tham dự giải vẫn chỉ là 13 đội sau khi câu lạc bộ Đồng Nai áp nhập chung với Bình Phước.
Giải dự định sẽ khởi tranh từ ngày 19/9/2025 và kết thúc vào ngày 20/6/2026. Cúp Quốc gia 2025-2026 khởi tranh từ ngày 13/9/2025 tới ngày 28/6/2026 với sự góp mặt của 26 đội, trong đó có 14 đội V.League và 12 đội hạng Nhất. Riêng đội Trẻ PVF-CAND không được phép dự Cúp do cùng đơn vị chủ quản với PVF-CAND, vừa được đặc cách lên thi đấu tại V.League.
Mùa giải 2025-2026, các đội hạng Nhất gồm Đồng Nai, Trẻ TP.HCM, Long An, Khánh Hòa, Thành phố Hồ Chí Minh, Bình Định, Hòa Bình, Đồng Tháp và Trẻ PVF-CAND và 4 đội giành quyền thăng hạng là Đại học Văn Hiến, Gia Định, Quảng Ninh và Bắc Ninh sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn 2 lượt sân nhà - sân khách. Hai đội nhất, nhì sẽ được lên chơi V.League 2026-2027.
Lần đầu tiên, Giải hạng Nhất Quốc gia 2025-2026, các đội bóng được đăng ký và sử dụng 1 cầu thủ người nước ngoài, 1 cầu thủ nước ngoài nhập tịch cùng và 2 cầu thủ Việt kiều trong các trận đấu.
