Ở trận tứ kết đầu tiên, Sông Lam Nghệ An chạm trán TP.HCM với thế trận áp đảo. Phút 18, Đình Bưởi phạm lỗi với Quang Linh trong vòng cấm, mang về cho đội bóng xứ Nghệ 1 quả phạt đền. Trên chấm 11m, Hoàng Minh Hợi dễ dàng mở tỉ số.
Hiệp 2 chứng kiến nỗ lực đáng khen của TP.HCM, song những cơ hội hiếm hoi của họ đều không được chuyển hóa thành bàn thắng. Phút 81, Viết Duy tỏa sáng với pha đi bóng kỹ thuật và dứt điểm nhân đôi cách biệt. Ở phút bù giờ cuối cùng, vẫn là cầu thủ này khép lại trận đấu bằng bàn thắng ấn định tỉ số 3-0, đưa Sông Lam Nghệ An vào bán kết với phong độ thuyết phục.
Trận cầu giữa Thể Công Viettel I và PVF diễn ra cân bằng trong suốt hiệp 1. Bước sang hiệp 2, huấn luyện viên đội bóng áo lính đổi chiến thuật, tận dụng bóng bổng để khai thác hàng thủ đối phương. Phút 61, từ đường tạt bên cánh phải, đội trưởng Hoàng Công Hậu bật cao đánh đầu ghi bàn duy nhất của trận đấu, giúp Thể Công Viettel I giành thắng lợi 1-0 và tiến vào vòng 4 đội mạnh nhất.
Hà Nội phải đối đầu Hồng Lĩnh Hà Tĩnh - đội bóng nổi tiếng với lối chơi phòng ngự kỷ luật. Tuy nhiên, sự khác biệt được tạo ra ở phút 30 khi Nguyễn Thiên Phú dứt điểm chuẩn xác mở tỉ số. Pha lập công này cũng là bàn thắng duy nhất, giúp Hà Nội thắng tối thiểu 1-0 để góp mặt ở bán kết.
Trận đấu giữa PVF-CAND và LPBank HAGL diễn ra kịch tính đến phút cuối. Hai đội hòa nhau sau 90 phút thi đấu chính thức và phải phân định bằng loạt sút luân lưu đầy may rủi. Bản lĩnh trên chấm 11 mét giúp đội chủ nhà PVF-CAND vượt qua đối thủ, giành tấm vé cuối cùng vào bán kết.
Hai cặp đấu bán kết Giải vô địch U19 Quốc gia - Cúp Modern 2025-2026 được xác định. Theo đó, Bán kết 1: PVF-CAND vs Hà Nội; Bán kết 2: Sông Lam Nghệ An vs Thể Công Viettel I.
