Theo đó, Hội khỏe Phù Đổng sẽ tổ chức thành 2 giai đoạn. Giai đoạn 1 tổ chức từ tháng 4 đến tháng 6/2028, gồm 15 môn thi: Bơi, Bóng bàn, Bóng chuyền, Bóng đá, Bóng rổ, Cầu lông, cờ Vua, Đá cầu, Đẩy gậy, Điền kinh, Kéo co, Vovinam, Võ cổ truyền, Taekwondo, Thể dục Aerobic.
Địa điểm tổ chức chia thành 5 cụm. Cụm 1 tại tỉnh Lào Cai, gồm: Lai Châu, Điện Biên, Sơn La, Lào Cai, Tuyên Quang, Cao Bằng, Lạng Sơn. Cụm 2 tại tỉnh Phú Thọ, gồm: Thái Nguyên, Phú Thọ, Hà Nội, Bắc Ninh, Hải Phòng, Quảng Ninh, Hưng Yên. Cụm 3 tại tỉnh Quảng Trị, gồm: Ninh Bình, Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Trị, Huế, Đà Nẵng. Cụm 4 tại tỉnh Lâm Đồng, gồm: Quảng Ngãi, Gia Lai, Đắk Lắk, Khánh Hòa, Lâm Đồng, Đồng Nai. Cụm 5 tại tỉnh Vĩnh Long, gồm: Thành phố Hồ Chí Minh, Tây Ninh, Đồng Tháp, Vĩnh Long, An Giang, Cần Thơ, Cà Mau.
Giai đoạn 2 tổ chức tại thành phố Huế, từ tháng 7-8/2028, gồm 10 môn thi đấu: Bơi, Bóng bàn, Bóng chuyền, Bóng đá, Bóng rổ, Cầu lông, Đá cầu, Điền kinh, Vovinam, Võ cổ truyền.
Mỗi Sở Giáo dục và Đào tạo sẽ tổ chức một đoàn tham dự, gồm các em học sinh phổ thông, trung học nghề, học viên giáo dục thường xuyên. Học sinh là vận động viên đã và đang được đào tạo tại các trung tâm, câu lạc bộ đào tạo vận động viên thuộc các bộ, ngành, địa phương (từ cấp xã/phường, tỉnh/thành phố) hoặc đã đạt huy chương tại các giải thể thao thuộc hệ thống giải thành tích cao trong nước và quốc tế không được tham dự.
Hội khỏe Phù Đổng toàn quốc được tổ chức 4 năm/1 lần nhằm phát triển phong trào tập luyện và thi đấu thể thao trong trường học trên toàn quốc; lan toả, hình thành thói quen, sự yêu thích luyện tập thể thao thường xuyên của học sinh, hướng đến các mục tiêu "Phát triển thể lực, tầm vóc người Việt Nam giai đoạn 2011-2030; Phát hiện, tuyển chọn và bồi dưỡng học sinh có năng khiếu thể thao, tạo nguồn vận động viên cho thể thao thành tích cao của các địa phương và quốc gia. Thông qua công tác tổ chức và kết quả tham gia, đánh giá thực chất phong trào thể thao học đường, rút kinh nghiệm để nâng cao chất lượng giáo dục thể chất và hoạt động thể thao trong trường học.
