Tuy nhiên, trong ngày tập luyện đầu tiên, đội tuyển chỉ có 15 cầu thủ tham gia do nhóm cầu thủ thuộc câu lạc bộ Becamex Bình Dương và Công An Hà Nội phải thi đấu trận bù vòng 23 LPBank V.League 2024-2025 vào tối 30/5. Buổi tập chủ yếu nhằm giúp các cầu thủ duy trì cảm giác bóng và tạo sự gắn kết trong đội hình.

Ban huấn luyện cũng đón nhận tin không vui khi trung vệ Nguyễn Thanh Bình (Thể Công Viettel) và Nguyễn Thành Chung (câu lạc bộ Hà Nội) gặp chấn thương. Sau khi tham khảo kỹ lưỡng ý kiến từ tổ y tế, huấn luyện viên Kim Sang-sik đã quyết định thay thế vị trí của Nguyễn Thanh Bình bằng trung vệ Đặng Văn Tới (câu lạc bộ Hải Phòng) và điều chuyển hậu vệ trẻ Phạm Lý Đức từ đội U22 Việt Nam lên đội tuyển quốc gia. Về tình hình của Nguyễn Thành Chung khả quan hơn khi anh chỉ bị căng cơ, vẫn có thể tập luyện cùng đội trong những ngày tới.
Dự kiến trong ngày 31/5, đội sẽ đón thêm nhóm cầu thủ từ Becamex Bình Dương và Công An Hà Nội hội quân, gồm Võ Hoàng Minh Khoa, Nguyễn Tiến Linh (Bình Dương), Nguyễn Filip, Vũ Văn Thanh, Bùi Hoàng Việt Anh, Jason Quang Vinh và Nguyễn Quang Hải (Công An Hà Nội). Tuy nhiên, số lượng cầu thủ Công An Hà Nội được tập trung sớm còn tùy thuộc vào quyết định của Ban huấn luyện câu lạc bộ, khi họ còn trận đấu bù vòng 20 V.League vào ngày 3/6 với Bình Định.
Trước buổi tập, Phó Chủ tịch Liên đoàn Bóng đá Việt Nam (VFF) Trần Anh Tú và Tổng Thư ký Nguyễn Văn Phú đã gặp gỡ, động viên thầy trò huấn luyện viên Kim Sang-sik, đồng thời, nhấn mạnh ý nghĩa đặc biệt của cuộc đối đầu với Malaysia. Lãnh đạo VFF đánh giá trận đấu sắp tới sẽ rất khó khăn khi đối thủ sở hữu lợi thế sân nhà cùng lực lượng mạnh với nhiều cầu thủ nhập tịch chất lượng. Tuy nhiên, VFF tin tưởng vào tinh thần tập trung, tuân thủ chiến thuật và sự nỗ lực của đội tuyển Việt Nam để hướng tới kết quả tích cực.

Tiền đạo Nguyễn Công Phượng - trở lại tuyển quốc gia sau gần 2 năm vắng bóng - cũng bày tỏ sự quyết tâm: “Tôi luôn ý thức được trách nhiệm và sẽ cố gắng thể hiện tốt nhất mỗi khi có cơ hội. Trận đấu với Malaysia rất quan trọng, đội cần chuẩn bị kỹ lưỡng và nỗ lực tối đa để giành kết quả tốt nhất. Một kết quả tích cực trên sân khách sẽ mở ra cơ hội lớn cho đội tuyển tại vòng loại lần này”.
Sau khi hội quân đầy đủ, đội tuyển Việt Nam sẽ tiếp tục tập luyện tại Trung tâm Đào tạo Bóng đá trẻ Việt Nam và dự kiến di chuyển sang Malaysia vào ngày 6/6. Tại đây, đội có thêm 3 ngày tập luyện làm quen với điều kiện thời tiết và sân bãi trước trận đấu chính thức.