Quyết định kỷ luật từ FIFA và VFF đã phủ bóng đen u ám lên đội bóng đất Tổ. Dù vi phạm được cho là xuất phát từ mùa giải 2023-2024 khi đội còn thi đấu tại Giải hạng Nhất Quốc gia, nhưng toàn bộ thành viên hiện tại, bao gồm huấn luyện viên Đặng Công Thành và 29 cầu thủ vừa được tái thiết cho mùa giải 2025, vẫn trở thành những người chịu thiệt.
Một cầu thủ chia sẻ trong tiếc nuối: “Tôi mới về đội được 3 tháng, thi đấu 3 trận thì nhận tin bị loại khỏi giải. Mặc dù rất tiếc nhưng Ban lãnh đạo vẫn đảm bảo đầy đủ quyền lợi cho chúng tôi trước khi giải thể”.
Nhiều cầu thủ cũng bày tỏ mong muốn câu lạc bộ sẽ sớm có thông tin rõ ràng về nguyên nhân bị kỷ luật, nhằm tránh hiểu lầm rằng, họ có liên quan đến chuỗi 3 trận thua tại Giải hạng Nhì Quốc gia năm 2025.

Chiều ngày 3/5, các thành viên trong đội đã có buổi gặp với đại diện lãnh đạo câu lạc bộ để hoàn tất thủ tục thanh lý hợp đồng, đồng thời nhận đủ lương và các chế độ theo quy định. Đến sáng 4/5, đội Phú Thọ chính thức tuyên bố dừng hoạt động.
Các cầu thủ trẻ được mượn từ các đội bóng như: Viettel FC, Hà Nội FC hay đội U21 Phú Thọ đã trở về đơn vị ban đầu. Những người ký hợp đồng theo mùa giải cũng đã quay lại địa phương.
Dù FIFA dành cho câu lạc bộ Phú Thọ thời hạn 10 ngày để nộp đơn kháng cáo lên Ban Giải quyết Khiếu nại, tính đến nay, Ban lãnh đạo đội bóng vẫn chưa có động thái chính thức.
Trước đó, ngày 2/5, VFF đã nhận được thông báo từ FIFA về việc kỷ luật đội Phú Thọ do liên quan đến hành vi dàn xếp tỉ số. VFF buộc phải loại đội bóng này khỏi Giải hạng Nhì Quốc gia 2025, đồng thời hủy toàn bộ kết quả 3 trận đã đấu gồm: Phú Thọ - Bắc Ninh (0-4), Quảng Ninh - Phú Thọ (3-0) và Trẻ PVF - Phú Thọ (3-0).
Ngoài ra, một số cá nhân từng thi đấu cho câu lạc bộ Phú Thọ ở mùa giải 2023-2024 có thể phải đối diện với những án phạt bổ sung từ VFF hoặc thậm chí là cơ quan chức năng nếu cuộc điều tra được mở rộng.