Lễ bốc thăm được tổ chức theo hình thức trực tiếp với sự tham dự của ông Nguyễn Minh Châu - Phó Tổng Thư ký Liên đoàn Bóng đá Việt Nam (VFF), Trưởng Ban Tổ chức giải, cùng đại diện lãnh đạo các đội bóng tham gia tranh tài ở mùa giải năm nay.
Tại giải đấu năm nay, 12 đội bóng được chia đều vào hai bảng A và B theo tiêu chí vị trí địa lý nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho việc di chuyển và tổ chức thi đấu. Bảng A (do Công ty TNHH Thể thao Vạn Xuân đăng cai tổ chức tại Sân vận động xã Đan Phượng - Hà Nội): Gồm 6 đội bóng là: Đội hạng Ba Hà Nội, Hà Nội Bulls, Hưng Khôi Hà Nội, Trung tâm Thể thao II tỉnh Ninh Bình, Bình Định FC và Vạn Xuân Đan Phượng.
Bảng B (do Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Đồng Tháp đăng cai tổ chức tại Sân vận động Tiền Giang và Sân vận động Sơn Quy - tỉnh Đồng Tháp): Gồm 6 đội bóng là: An Giang, Đồng Nai, Hồ Chí Minh United, STP Food TP.HCM, Trung tâm Huấn luyện và Đào tạo Thể thao Khánh Hòa và chủ nhà Đồng Tháp.
Giải Bóng đá hạng Ba quốc gia 2026 sẽ chính thức khởi tranh từ ngày 12/10 và khép lại vào ngày 9/11. Ở mỗi bảng, các đội sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn 2 lượt tính điểm (lượt đi và lượt về) tại các địa phương đăng cai. Thứ hạng của các câu lạc bộ được xác định căn cứ theo các quy định cụ thể của Điều lệ giải. Sau khi kết thúc vòng đấu bảng, 4 đội bóng có thành tích tốt nhất - gồm 2 đội xếp thứ Nhất và 2 đội xếp thứ Nhì của 2 bảng - sẽ chính thức giành quyền thăng hạng lên thi đấu tại Giải Bóng đá hạng Nhì quốc gia 2027.
Ngay sau Lễ bốc thăm, cục diện các cặp đấu thuộc vòng 1 diễn ra vào ngày 12/10 tại cả 2 bảng đấu cũng đã được xác định. Tại Bảng A (Sân vận động Đan Phượng - Hà Nội): Vạn Xuân Đan Phượng chạm trán Bình Định FC, Trung tâm Thể thao II tỉnh Ninh Bình đối đầu Hà Nội Bulls, Hưng Khôi Hà Nội so tài Đội hạng Ba Hà Nội
Tại Bảng B (Sân vận động Tiền Giang và sân Sơn Quy - Đồng Tháp): Đồng Tháp gặp STP Food TP.HCM, Hồ Chí Minh United đụng độ An Giang, Đồng Nai đối đầu Trung tâm Huấn luyện và Đào tạo Thể thao Khánh Hòa.
Theo thông báo từ Ban Tổ chức, Lịch thi đấu chi tiết từng khung giờ của các lượt trận sẽ tiếp tục được cập nhật và gửi tới các đội bóng trong thời gian tới.
