Trước tình hình bất ổn này, Ủy ban tổ chức vừa đưa ra Kế hoạch B trong trường hợp điều kiện thủy văn vẫn bất lợi khi ngày thi đấu theo lịch trình của các môn thi này đến. Mặc dù, những ngày gần đây lượng mưa không nhiều, do đó, mức vi khuẩn E.coli trong sông Seine ở mức chấp nhận được cho việc tắm của con người, nhưng vẫn cần thận trọng.
Ủy ban tổ chức khẳng định, các môn thể thao này không thể phụ thuộc hoàn toàn vào thời tiết, vì vậy, một phương án thay thế đã được thiết kế cho phép lịch thi đấu Olympic diễn ra trong trường hợp bơi ở sông Seine cuối cùng được coi là không an toàn cho sức khỏe. "Khả năng xảy ra các sự kiện thời tiết bất thường đòi hỏi chúng tôi phải thận trọng”.
Ban đầu, Ban Tổ chức đã xác nhận thông qua một tuyên bố rằng, các môn Triathlon và Bơi marathon ngoài trời, dự kiến diễn ra gần Pont Alexandre III từ ngày 30/7 đến 5/8, có thể bị hoãn lại vài ngày nếu điều kiện không hoàn toàn an toàn. Ngoài ra, nếu mưa lớn ảnh hưởng đến dòng chảy của sông Seine và làm tăng mức vi khuẩn, thì Triathlon (ba môn phối hợp) có thể được chuyển đổi thành Duathlon (hai môn phối hợp, bỏ phần thi bơi). "Đây là phương án cuối cùng, các quy định đã đề cập đến khả năng này", ông Tony Estanguet - Chủ tịch Ủy ban Tổ chức - đảm bảo.
Đối với bơi marathon ngoài trời, sự kiện này có thể được chuyển đến Sân vận động Hàng hải Vaires-sur-Marne, nằm trong khu vực đô thị Paris, nơi đã tổ chức các sự kiện chèo thuyền và đua thuyền kayak với sức chứa tối đa 15.000 khán giả.
Các dữ liệu cập nhật từ phân tích về chất lượng nước của sông Seine cho thấy, chỉ số vi khuẩn đã được cải thiện đáng kể trong những ngày gần đây. Tòa thị chính Paris và Sở Cảnh sát khu vực Ile de France nhấn mạnh trong bản tin hàng tuần được công bố hôm 4/7 rằng, chất lượng nước "đã được cải thiện" trong giai đoạn gần đây nhất, cụ thể là từ ngày 24/6 đến 2/7. Do đó, nếu xu hướng này tiếp tục với việc cải thiện ngưỡng vi khuẩn, sông Seine sẽ có thể tổ chức hai sự kiện thể thao ban đầu được lên lịch trong lịch thi đấu Olympic: Triathlon (dành cho nam vào ngày 30/7, dành cho nữ vào ngày 31/7 và tiếp sức nam nữ vào ngày 5/8) và Bơi ngoài trời (10km nữ vào ngày 8/8 và 10km nam vào ngày 9/8).
Chính quyền đã đầu tư 1,4 tỷ euro kể từ năm 2016 vào một kế hoạch đầy tham vọng nhằm cho phép bơi trong vùng nước của sông Seine - nơi mà gần một thế kỷ qua không được phép bơi vì lý do sức khỏe. Các can thiệp này, bao gồm việc xây dựng các hồ chứa khổng lồ, chủ yếu nhằm ngăn chặn nước thải chảy vào sông và làm ô nhiễm nguồn nước, không qua các nhà máy xử lý trong thời gian mưa lớn.