Mùa giải năm nay quy tụ nhiều đội bóng đa dạng, bao gồm: An Giang, Đồng Nai, Đồng Tháp, Hà Nội Bulls, Hoài Đức, Luxury Hạ Long, Phù Đổng FC, STP FOOD TP.HCM, Trẻ Becamex TP.HCM, Trẻ Công an Hà Nội, Trẻ Đắk Lắk, Trẻ Thống Nhất - TPG, Trung tâm Bóng đá Đào Hà, Trung tâm Huấn luyện và Thi đấu thể thao Hà Tĩnh, Trung tâm Huấn luyện Kỹ thuật Thể thao Khánh Hòa, Trường Đại học Công nghệ Đồng Nai và Trường Giang - Gia Định.
Các đội được chia thành 3 bảng đấu theo địa bàn tổ chức và đơn vị đăng cai. Bảng A, do Công ty Cổ phần Bóng đá Hoài Đức đăng cai, sẽ thi đấu tại sân vận động Hoài Đức (Hà Nội), với các đội: Hà Nội Bulls, Hoài Đức, Luxury Hạ Long, Phù Đổng FC, Trung tâm Bóng đá Đào Hà và Trẻ Công an Hà Nội. Bảng B diễn ra tại sân vận động Buôn Ma Thuột (Đắk Lắk), do Trung tâm Huấn luyện và Thi đấu Thể dục thể thao Đắk Lắk đảm nhận tổ chức, gồm: Trẻ Đắk Lắk, Trẻ Thống Nhất - TPG, Trẻ Becamex TP.HCM, Trung tâm Huấn luyện Kỹ thuật Thể thao Khánh Hòa và Trung tâm Huấn luyện và Thi đấu Thể dục thể thao Hà Tĩnh. Bảng C gồm các đội: An Giang, Đồng Nai, Đồng Tháp, Trường Đại học Công nghệ Đồng Nai, STP FOOD TP.HCM và Trường Giang - Gia Định, tranh tài trên 2 sân Thới Tứ và Tân Hiệp (Hóc Môn - TP.HCM). Đơn vị đăng cai bảng C là Công ty Cổ phần KENOS phối hợp cùng Trung tâm Cung ứng Dịch vụ Văn hóa - Thể thao Hóc Môn.
Thể thức thi đấu của giải là vòng tròn 2 lượt tập trung tính điểm, xếp hạng. Ba đội đứng đầu mỗi bảng cùng với đội nhì bảng có thành tích tốt nhất sẽ giành quyền thăng hạng lên Giải hạng Nhì Quốc gia 2026. Trong trường hợp số đội ở các bảng không bằng nhau, Ban Tổ chức sẽ loại kết quả đối đầu với đội đứng cuối bảng trong bảng có nhiều đội hơn khi xét đội nhì bảng xuất sắc nhất nhằm đảm bảo tính công bằng về số trận.
Lễ bốc thăm và xếp lịch thi đấu được tổ chức trực tuyến vào lúc 10 giờ ngày 9/10/2025. Trước khi giải bắt đầu, các cuộc họp kỹ thuật sẽ diễn ra lần lượt vào ngày 24/10 đối với bảng A và ngày 25/10 cho bảng B và C. Giải đấu sẽ diễn ra tại 3 địa điểm chính gồm: sân vận động Hoài Đức ở Hà Nội, sân vận động Buôn Ma Thuột tại Đắk Lắk và 2 sân Thới Tứ, Tân Hiệp tại Hóc Môn (TP.HCM).
Giải Bóng đá hạng Ba Quốc gia 2025 được kỳ vọng sẽ tiếp tục phát huy vai trò quan trọng trong việc phát triển mạnh mẽ phong trào bóng đá quần chúng, giúp các câu lạc bộ địa phương phát hiện và nuôi dưỡng các tài năng trẻ. Đây cũng là sân chơi thiết yếu giúp thúc đẩy sự phát triển bền vững của bóng đá các địa phương trên toàn quốc, đồng thời tạo ra cơ hội cọ xát và thử sức cho các cầu thủ trẻ hướng đến con đường chuyên nghiệp trong tương lai.
